W latach 80. XIX wieku zaczęto budowę linii kolejowej z Poznania do Strzałkowa.
Pierwszy pociąg przejechał 1 sierpnia 1887. Początkowo stacja nosiła niemiecką nazwę Schwersenz, pod odzyskaniu niepodległości zmieniono ją na Swarzędz. Podczas trwania II wojny światowej był to znów Schwersenz (1939-1940), później (1940-1943) Schwaningen, zaś w 1943 powrócono do nazwy Schwersenz. Od 1945 jest to ponownie Swarzędz.
W 2008 stacja przeszła gruntowną modernizację która objęła budowę całkowicie nowych peronów, przebudowę czterech torów oraz dwie głowice rozjazdowe.
W latach 2012-2013 budynek dworca przeszedł generalny remont. W budynku prócz kasy Kolei Wielkopolskich mieści się Swarzędzkie Centrum Ratunkowe.