O młynie wodnym w Sępopolu trudno znaleźć informacje. Prawdopodobnie jego korzenie sięgają drugiej połowy XIV wieku, kiedy to lokowano miasto.
Został uszkodzony po wkroczeniu Armii Czerwonej w lutym 1945 roku do miasta, podobnie jak samo miasto, które utraciło 80% zabudowy. Młyn został jednak szybko uruchomiony w drugiej połowie 1945 r. przez władze polskie.
Obecnie nieczynny, choć budynek główny został wyremontowany.