Został wzniesiony w latach 1857–1861 z inicjatywy klasztoru Świętej Marii Magdaleny.
Projekt neogotyckiej świątyni przygotował znakomity śląski architekt Alexis Langer.
Kościół był następcą dawnego kościoła św. Trójcy, który spalił się w 1760 roku. Po starej świątyni obecnie pozostała tylko Wieża Trynitarska.
Na przełomie lutego i marca 1945 roku w mieście toczyła się bitwa o Lubań, podczas której bardzo poważnie uszkodzono kościół - m.in. spadła wieża, niszcząc dach.
W latach 1957-1961 trwała odbudowa świątyni. W efekcie odzyskała ona wygląd zbliżony do pierwotnego, ale, uwaga - stała się niższa o 6,7 m.