Sątoczno należy do jednej z najstarszych miejscowości na Warmii i Mazurach. W 1326 roku na terenie dawnej osady pruskiej komtur z Bałgi Dietrich von Altenburg wzniósł strażnicę krzyżacką, a przy niej kościół wybudowany w latach 1326-1328. Przy zamku powstała osada targowa o zasięgu tranzytowym, która później otrzymała prawa miejskie. W 1344 roku w Sątocznie Krzyżacy podjęli starania o zorganizowanie nowego i oddzielnie zarządzanego komturstwa. Pierwszym i jedynym komturem Sątoczna został Johann Wurkini. W 1347 roku wieś została zniszczona przez Litwinów, komturstwo zlikwidowano. Sątoczno podlegało w późniejszych latach nowo utworzonemu komturstwu w Rynie. W czasie wojny trzynastoletniej Sątoczno przystąpiło do Związku Pruskiego i przez kilka lat czynnie występowało przeciwko Zakonowi. Na przełomie XIV i XV wieku odbudowano kościół (obecny budynek świątyni) zniszczony w czasie najazdu Litwinów. Po zawarciu pokoju z Krzyżakami w 1466 roku Sątoczno znalazło się na terenie Prus Krzyżackich. W 1468 roku w zamian za zaległy żołd Krzyżacy przekazali Sątoczno rycerzowi ze Szwabii Albrechtowi Vogt von Ammerthal. Jego córka Anna wyszła później za Botha zu Eulenburga ze Skandawy. W latach 1520–1610 majątek był główną siedzibą rodu zu Eulenburg. Po 1610 roku siedziba rodu przeniesiona został do pobliskiej Prosny. W czasie reformacji kościół przejęli ewangelicy.
Zamek w Sątocznie został rozebrany w 1628 roku. Sątoczno w 1657 roku zniszczone zostało przez Tatarów. W 1709 roku epidemia dżumy zmniejszyła liczbę mieszkającej tam ludności o prawie 90 %. W latach 1839-1842 odrestaurowano kościół według pomysłu Szymona Gemmela. Miejscowość ucierpiała w czasie wojen napoleońskich oraz I i II wojny światowej. W 1924 roku w Sątocznie gościł Paul von Hindenburg. Wieś znajdowała się w posiadaniu hrabiów Eulenburg do 1945 roku.
W 1949 roku we wsi powstało kino, a w rok później biblioteka wiejska. W latach następnych wybudowano nowy budynek szkoły. W 1970 roku Sątoczno liczyło 63 mieszkańców. We wsi znajdowała się ośmioklasowa szkoła podstawowa, przedszkole (68 dzieci), biblioteka oraz kino na 100 miejsc.W latach 1975-1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa olsztyńskiego. Ponowne zmiany podziału administracyjnego państwa umiejscowiły ją w powołanym 1 stycznia 1999 roku województwie warmińsko-mazurskim, w powiecie kętrzyńskim.